Для этого необходим FTP-менеджер. Я лично пользуюсь Total Comander'ом. Когда зальешь нужный файл на сервер, переходишь в директорию с этим файлом и в командной строке пишешь chmod 777 file.php (или chmod file.php 777 - точно не помню).
Часто встречаю DLE (Data Life Engine) и всякие прибамбасы к нему. Сам с ним не работал, но чужие сайты впечатляют (при грамотном админе конечно). Долгое время сидел на бесплатных хостингах и работал без базы данных на SetCMS, но сейчас, говорят, этот проект закрыт. В прошлом году взялся было за разработку его аналога с возможностью расширения за счет модулей, но до профессиональных движков ему было далеко. Сейчас поднял на нем свой сайт и потихоньку довожу до ума. Плюс движков на файлах - простота установки и изменения под свои нужды.